Институт интеллектуальных медицинских исследований (IIMR) BGI Genomics в сотрудничестве с шведским университетом Уппсалы обнаружили 33 новых мутировавших гена-драйвера в колоректальном раке (КРР). Исследователи проанализировали полные геномы и транскриптомы 1063 первичных случаев колоректального рака в популяционной когорте, при этом 94% пациентов завершили пятилетнее клиническое наблюдение. Их анализ выявил 96 мутировавших генов-драйверов, девять из которых ранее были неизвестны в КРР, а 24 были новыми для любой формы рака.
Результаты исследования опубликованы в журнале Nature в статье под названием « Прогностические геномные и транскриптомные сигнатуры при колоректальном раке ».
«Колоректальный рак вызывается последовательностью соматических геномных изменений, влияющих на гены-драйверы в основных путях рака», — пишут исследователи. «Здесь, чтобы понять функциональное и прогностическое влияние соматических мутаций, вызывающих рак, мы проанализировали целые геномы и транскриптомы 1063 первичных случаев колоректального рака в популяционной когорте с долгосрочным наблюдением. Из 96 мутировавших генов-драйверов 9 ранее не были связаны с колоректальным раком, а 24 не были связаны ни с одним видом рака. Были обнаружены два различных паттерна комутаций путей, временной анализ выявил девять ранних и три поздних мутации генов-драйверов, а также было выявлено несколько сигнатур мутационных процессов, специфичных для колоректального рака».
Было выявлено несколько специфических мутационных паттернов, которые являются уникальными для CRC. Мутации в специфических путях (WNT, EGFR, TGFβ), митохондриальном гене (CYB), трех регуляторных элементах, 21 вариации числа копий (изменения числа копий определенного гена) и специфическая сигнатура мутации (COSMIC SBS44) были связаны с показателями выживаемости пациентов.
Основываясь на этих результатах, исследователи разработали новую стратегию молекулярной классификации колоректального рака. Благодаря комплексному анализу, который объединил мутировавшие гены с уровнями экспрессии генов, они идентифицировали пять различных прогностических подтипов КРР (CRPS), каждый из которых обладает уникальными молекулярными характеристиками. Эта новая система классификации готова произвести революцию в способе диагностики и лечения КРР.
Благодаря временному анализу исследование показало, что определенные генетические изменения, такие как изменения в APC, TP53, KRAS, BRAF, ZFP36L2, TCF7L2, FBXW7, BCL9L и SOX9, имеют тенденцию возникать на ранних стадиях развития рака. Между тем, другие мутации, особенно в TRPS1, GNAS и CEP170, с большей вероятностью появляются на более поздних стадиях развития рака.
Помимо выявления критических молекулярных изменений, связанных с инвазией опухоли и метастазированием, исследование выявило мутации, связанные с заболеванием, в митохондриальном геноме и некодирующих областях, предложив исчерпывающую сводку мутаций, которые играют важную роль в прогрессировании заболевания.
Открытие мутаций и подтипов экспрессии может направить будущие усилия на индивидуализированную терапию колоректального рака.
Источник: genengnews.com
Добавить комментарий